Akan tetapi, diakui juga bahwa rasionalisme yang berkembang kemudian melahirkan kelemahan-kelemahan tersendiri. Dalam perjalanan sejarahnya rasionalisme abad pertengahan itu telah menimbulkan dampak-dampak yang buruk, terutama terhadap peran-peran spiritualitas dan moralitas masyarakat. Rasionalisme telah menimbulkan realitas sosial yang dikesankan “bobrok”, karena kaum rasionalis radikal telah menyingkirkan kedua dimensi yang juga merupakan essensi manusia itu.
Dikatakan orang :
كانت الفلسفة في ذلك الزمان قدأثرت في تفكير الكثيرين من أذكياء عصره وسلوكهم، وأدى ذلك إلى التشكيك في الدين الإسلامي والانحلال في الأخلاق، والاضطراب في السياسة، والفساد في المجتمع
Rasionalisne pada masa itu telah memengaruhi pikiran para kaum terpelajar, intelektual pada masanya. Hal ini mengakibatkan publik umum menjadi skeptis pada agama dan degradasi moralitas publik, kekacauan politik dan kerusakan masyarakat.
Terlepas dari faktor lain yang melatarbelakanginya, terutama perebutan kekuasaan politik, tetapi kondisi sosial dekaden itu yang kemudian memunculkan reaksi keras dari kaum muslimin. Mereka berusaha “menghentikan” aktifitas intelektual rasionalistik yang terkesan ultra liberal itu dan menyerukan untuk kembali pada kehidupan ortodoksi.
Sejumlah tokoh besar Islam yang oleh sejumlah kritisi dipandang turut andil dalam hal ini antara lain adalah Ahmad bin Hanbal dan Abu Hasan Al Asy’ari, pendiri aliran teologi Sunni. Disusul kemudian Imam Abu Hamid Al Ghazali, di samping tokoh-tokoh yang lain.
Dr. Ali Syami Nasyar dalam bukunya Nasy’ah al Fikr al Falsafi fi al Islam, menyatakan bahwa di tangan al Ghazali lah, teologi Sunni mendapatkan kekokohan dan kesempurnaannya. Pemikiran Islam Sunni berhasil dirumuskan dengan sangat gemilang di tangan orang besar ini.
Jika Ahmad bin Hanbal dan al Asy’ari memfokuskan diri pada upayanya untuk mengembalikan otoritas teks di atas otoritas akal terutama untuk kajian teologi, maka al Ghazali mengarahkan umat manusia pada upaya-upaya penghargaan atas aspek-aspek spiritualitas atau dimensi batin.
Upaya-upaya yang sangat intensif dari dua tokoh sunni ini, kemudian membentuk bangunan peradabaan Islam yang sangat kokoh dan untuk berabad-abad lamanya menjadi acuan pemikiran kaum muslimin. Kedua orang ini, sungguh pun tidak bermaksud untuk menafikan pentingnya keilmuan rasional, akan tetapi ternyata telah menghasilkan dampak terabaikannya keilmuan tersebut dan menempatkannya pada posisi sekunder atau pelengkap. Para pengikut mereka mengikuti pandangan-pandangan mereka tanpa sikap kritis. Kebesaran nama mereka begitu mempesona dan seakan-akan tidak bisa ditandingi.
Sejak Imam al Ghazali itulah keilmuan Islam kemudian dipilah-pilah menjadi ilmu-ilmu fardhu ‘ain (kewajiban individual) dan fardhu kifayah (kewajiban kolektif). Yang termasuk ilmu-ilmu fardhu ‘ain menurutnya adalah ilmu tauhid, ilmu al sirr (ilmu tentang rahasia-rahasia dan kondisi-kondisi hati) dan ilmu syari’ah (ilmu tentang kewajiban dan larangan agama).
Sementara ilmu-ilmu fardhu kifayah antara lain menyangkut apa yang sekarang kita sebut dengan ilmu-ilmu umum, seperti kedokteran, fisika, matematika dan sebagainya, di samping sejumlah ilmu agama. Karya-karya al Ghazali terakhir, antara lain yang terbesar “Ihya Ulum al Din”, jelas mencerminkan kecenderungan utama al Ghazali.
Pikiran-pikiran al Ghazali ini telah memberikan pengaruh yang luar biasa pada tradisi berfikir kaum muslimin, bahkan sampai hari ini. Kesan yang diterima kaum muslimin sesudahnya adalah sebuah wacana dikotomistik. Ilmu-ilmu agama dipisahkan dan dibedakan dari ilmu-ilmu umum. Ada yang disebut ulum al din dan ulum al dunya.
Lebih jauh dari itu adalah munculnya anggapan bernada streotyping, subordinasi dan marginalisasi ilmu-ilmu umum. Opini umum kaum muslimin mengatakan bahwa ilmu-ilmu agama (ulum al din) adalah ilmu-ilmu yang harus diutamakan karena akan mengantarkan kepada keselamatan hidup di akhirat yang penuh bahagia, sementara ilmu-ilmu umum (ulum al dunya) dianggap sebagai ilmu-ilmu sekuler yang bernilai rendah.
Meskipun sejumlah pemikir muslim sesudah al Ghazali, seperti Ibnu Rusyd berusaha membangkitkan kembali rasionalisme, akan tetapi ternyata tidak mampu menandingi kebesaran pengaruh al Ghazali. Sayyed Hosen Nasr, mengatakan :”lepas dari apakah ini baik atau buruk, kehidupan intelektual kaum muslimin sejauh ini selalu mengikuti arah yang telah dirumuskan oleh al Ghazali sekian abad yang lalu.”
Pendeknya seluruh wilayah keilmuan Islam, terutama yang berkembang dan masih dipertahankan dalam sistem pendidikan di Pondok Pesantren akhirnya tetap berada dalam kerangka keilmuan klasik-tradisional yang menekankan pada kajian-kajian keilmuan Islam melalui metodologi tekstualistik dan mistis.
Dan atas pengaruh ini, kemudian ada adagium yang mendefinisikan ilmu sebagai “ma yu’raf wa yutqan”, sesuatu yang diketahui dan dikukuhkan. Keilmuan Islam untuk selanjutnya mengalami proses sakralisasi (“taqdis al afkar al diniyah”), sakralisasi pemikiran keagamaan dan mistifikasi. Produk-produk ilmiyah berikut metodologinya seakan-akan tidak boleh disentuh, dirubah dan diterobos, tanpa sebuah kesadaran penuh bahwa watak ilmiyah sesungguhnya adalah menerobos dan dinamis. []